W 2002 w muzeum odkryto, iż obraz Man-O-War i inne statki na wybrzeżu holenderskim Ludolfa Backhuysena, XVII-wiecznego holenderskiego mistrza obrazów morskich, stanowiący nabytek muzeum w dobrej wierze, pochodzi w rzeczywistości z prywatnej żydowskiej kolekcji w Amsterdamie, zagrabionej w 1942 przez nazistów. Zarząd muzeum skontaktował się z pierwotnym właścicielem obrazu, wypłacił przysługującą mu prawnie rekompensatę a ten zgodził się na włączenie obrazu w skład muzealnej kolekcji, powiększając tym samym znaczący zbiór malarstwa holenderskiego.
W 1970 Anna Thompson Dodge przekazała na rzecz muzeum XVIII-wieczne wyposażenie pokoju muzycznego ze swego domu Rose Terrace.
W 1976 dar Eleanor Ford w wysokości 1 miliona dolarów pozwolił utworzyć w muzeum dział Kultury Afryki ,Oceanii i Nowego Świata.
24 lutego 2006 12-letni chłopiec przykleił kawałek gumy do żucia na abstrakcyjny obraz Helen Frankenthaler Zatoka z 1963. W efekcie powstała niewielka plama. Malowidło, wyceniane w 2005 na 1,5 miliona dolarów, stanowi jedno z najważniejszych w dorobku Frankenthaler.