W roku 1998 Francuz pod koniec sezonu wziął udział w czterech rundach, w zespole innego byłego czempiona serii, Wayne’a Raineya. Na motocyklu Yamahy trzykrotnie znalazł się na mecie. W kwalifikacjach do GP Imoli Bayle po raz drugi w karierze startował z pierwszej pozycji. W wyścigu ponownie nie udało mu się jednak stanąć podium, zajmując ostatecznie piątą lokatę. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na 16. miejscu.
W sezonie 1999 Jean-Michel związał się z ekipą Proton KR Modenas. Włoski motocykl ponownie jednak okazał bardzo zawodny. Francuz w ciągu pięciu eliminacji, zaledwie w jednej zakończył zmagania, plasując się podczas GP Japonii na dwunastej pozycji. Po GP Katalonii zastąpił go Australijczyk Mark Willis. Dorobek czterech punktów usytuował go na 28. lokacie.
Po raz ostatni w mistrzostwach pojawił się w 2002 roku. W zastępstwie Niemca Alexa Hofmanna wziął udział w dwóch rundach, o GP Francji i Włoch. Dosiadając maszynę Yamahy, rywalizację ukończył odpowiednio na czternastym i trzynastym miejscu, natomiast cały sezon zakończył na 24. pozycji.