Umowa o współpracy przestała obowiązywać wraz z rozpadem Jugosławii, nie oznaczało to jednak końca zaangażowania UE w regionie.
Kilka kolejnych lat nie przynosiło większych efektów w rozwoju relacji na płaszczyźnie UE-Serbia. Stosunki w tym okresie były dość chłodne. Kraj ten jednak chętnie korzystał z wysyłanej przez UE pomocy humanitarnej. Unia wspierała także środowiska i obszary pozostające w opozycji do reżimu Slobodana Miloševicia. W 1997 roku Unia Europejska przyjęła zasadę regionalnego podejścia do Bałkanów Zachodnich, stanowiącego ramy polityczne i ekonomiczne dla rozwoju stosunków bilateralnych.
Na podstawie rezolucji Organizacji Narodów Zjednoczonych z 1999 roku Serbia wskutek konfliktu z tego roku w Kosowie de facto straciła kontrolę nad tą południową prowincją. Unia Europejska stała się czwartym filarem sprawującym tymczasową kontrolę przy Misji Tymczasowej Administracji Organizacji Narodów Zjednoczonych w Kosowie (UNMIK).
Okres 2000–2005 5 października 2000 roku w Serbii obalono autokratyczne rządy prezydenta Slobodana Miloševicia. Od tego czasu w kraju zaczęła rządzić Demokratyczna Opozycja Serbii. Nowe ugrupowanie za swój główny cel postawiło integrację z Unią Europejską.