Na okres wojny klub zawiesił działalność.
1945–1950 W czerwcu 1945 r., na zebraniu zwołanym z inicjatywy grona zawodników i działaczy sportowych, reaktywowano klub i wybrano zarząd na czele z Janem Schreiberem, który był jednym z założycieli tego klubu. Pierwsze mecze rozgrywano z żołnierzami Armii Radzieckiej stacjonującymi w Szczecinku. Jednak jeszcze w 1945 r. zespół wystąpił w rozgrywkach B klasy. Pod koniec tego roku patronat nad klubem objęła Spółdzielnia Spożywców „Społem” i z tego powodu został przypisany do Zrzeszenia Sportowego „Spójnia”. Prezesem został wówczas Edmund Janicki, a od 1947 r. funkcję prezesa objął Wojciech Bogaszewicz – prezes „Społem”. W tym roku zespół zdołał awansować do A klasy. W 1949 r. Chojniczankę podporządkowano zrzeszeniu „Gwiazda” i prezesem został Franciszek Kłos, szef powiatowy UB w Chojnicach. W tym samym roku Chojniczanka rozegrała pierwszy mecz międzynarodowy – zmierzyła się z czechosłowackim Sokołem Brno, mecz zakończył się wysoką porażką chojniczan 1:6. W ramach przygotowań do tego spotkania zbudowano dwie kasy i odcinek murowanego parkanu, a kibice wraz z zawodnikami w czynie społecznym wybudowali krytą trybunę o długości 100 m. Poza pierwszą drużyną sukcesy w tym okresie odnosiła także drużyna juniorów, która w 1947 r. zdobyła tytuł mistrzów, a w 1949 r.