Z uwagi na zaawansowany wiek jak na pilota (ponad 40 lat), zmniejszoną sprawność nogi i wysoki stopień wojskowy, został skierowany na stanowisko naziemne, zamiast do latania. Na prośbę Skarzyńskiego, polskie dowództwo skierowało go jednak do odbycia tury 30 lotów bojowych jako pilota w polskim 305 Dywizjonie Bombowym i w grudniu 1941 roku rozpoczął on szkolenie w jednostce treningu operacyjnego 18 OTU w Bramcote. Po ukończeniu szkolenia, w kwietniu 1942 roku został komendantem polskiego personelu bazy lotniczej RAF Lindholme. Równocześnie, od maja do czerwca odbył pięć nocnych lotów bojowych jako drugi pilot, na bombardowanie Nantes, Hamburga, Kolonii, Essen i zrzutu ulotek nad Paryżem. W tym, trzy loty odbył z tą samą załogą sierż. pil. Alojzego Gusowskiego, lecz została ona zestrzelona 19/20 czerwca, w locie, w którym Skarżyński nie brał udziału.