W XVII i XVIII wieku przebiegał tędy szlak przemarszu wojsk idących na wojnę, tędy przejeżdżał król Jan Kazimierz i jego następca Michał Korybut Wiśniowiecki. U Stanisława Warszyckiego (kolejnego dziedzica Kromołowa) przez dwa miesiące gościła wdowa po Jeremim Wiśniowieckim. W 1651 kościół został zamieniony na zbór ariański. Wspomniany Stanisław w 1699 obwarował Kromołów umocnieniami obronnymi oraz fosą, a także postawił nowy, murowany dwór obronny o czterech basztach, spełniający rolę fortyfikacji. Budowla ta, choć mocno zniszczona, istniała jeszcze do czasów II wojny światowej, a do początku lat 60. XX w. dotrwały jeszcze resztki piwnic.
Wydarzenia z lat 1655–1660 znane jako „potop szwedzki” przyniosły mieszkańcom znaczne straty. Dwa dni załoga odpierała bezskutecznie atak. Miasto zostało spalone. Drugi atak miał miejsce w 1702, kiedy kromołowianie odczuli skutki pobytu w miejscowości oddziału generała Dancera. Przez miejscowość przeciągały również oddziały hetmana Jana Sobieskiego, skierowane przeciw rokoszanom Jana Lubomirskiego. Powtórnie mieli okazję zobaczyć hetmana już jako króla Jana III Sobieskiego, kiedy po odpoczynku we Włodowicach 26 lipca 1683 wiódł swe rycerstwo na odsiecz Wiednia.