Kościół św. Jakuba (niem. St.-Jacob-Kirche) – kościół filialny, który znajdował się w Elblągu, zbudowany w 2 poł. XIII wieku, zburzony w 1601 roku.
Historia Kilkadziesiąt lat po założeniu Elbląga, w mieście okolonym murami zaczęło brakować miejsca na pochówki. W 1256 roku pojawia się wzmianka o filialnym kościele św. Jakuba, budowanym właśnie w okolicy dzisiejszej ulicy Krótkiej (poza granicami ówczesnego Elbląga). Miała służyć jako kościół cmentarny, a także służyć ludności wschodnich przedmieść miasta. Na jedynym zachowanym rysunku kościoła, widać, że był on prawdopodobnie cztero- lub trzyprzęsłowy z wieżyczką na dachu.
Kościół ten był świątynią pomocniczą staromiejskiej parafii św. Mikołaja. Pracujący przy tym kościele kapłani byli wikariuszami parafii św. Mikołaja, której proboszcz miał prawo do ofiar składanych w obu kościołach i jego obowiązkiem było utrzymanie swoich pomocników. W kościele św. Jakuba swoje duszpasterstwo miało bractwo kurkowe, zresztą ogród strzelecki przylegał do cmentarza od strony wschodniej. Przy tym kościele oprócz bractwa kurkowego działało również bractwo ubogich i bractwo krawieckie.