Na ziemiach polskich pierwsze misje Kościoła Nowoapostolskiego pojawiły się w Królestwie Prus i Królestwie Polskim w latach sześćdziesiątych XIX wieku. Natomiast pierwsze zbory na ziemiach polskich powstały pod koniec XIX wieku (m.in. w Bydgoszczy, Gdyni, Warszawie, Wąbrzeźnie, a także w okolicach Łodzi, Piotrkowa Trybunalskiego, Dąbrowy Górniczej i Lwowa). Najprężniej ruch rozwijał się na terenie Warmii i Mazur. Pionierski zbór w Królewcu założył Ernst Traugott Hallmann. W niedługim czasie powstały kolejne zbory Kościoła Nowoapostolskiego. W 1935 roku w należących do Niemiec Prusach Wschodnich istniały 192 zbory. Nie był to jednak początek irwingianizmu w Polsce. Wcześniej zbory zakładali apostołowie Katolickiego Kościoła Apostolskiego, John Owen Tudor i Thomas Carlyle.
Jako struktury oddolne zbory Kościoła Nowoapostolskiego przybierały własne nazwy i tworzone były niezależnie od siebie na podstawie prawa wyznaniowego pruskiego, austriackiego i rosyjskiego.
Po 1918 roku w odrodzonym państwie polskim struktury Kościoła Nowoapostolskiego zostały zachowane i traktowane przez Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego jako związki wyznaniowe uznane prawnie.