W 2001 roku, SNŚ stała się częścią Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego na UKSW, co zostało odzwierciedlone przez dodanie do jego nazwy członu "Szkoła Nauk Ścisłych". Dołączenie SNŚ do uczelni o genezie religijej odbiło się negatywnie na postrzeganiu jej przez środowisko naukowe za prestiżową, co spowodowało spadek renomy uczelni, pomimo iż studiować może każdy bez względu na wyznawane poglądy, ulepszona i unowocześniona została infrastruktura, zachowany został ten sam model kształcenia, zajęcia i laboratoria dalej odbywają się w Instytucie Chemii Fizycznej, Instytucie Chemii Organicznej oraz Instytucie Fizyki pod okiem tych samych wybitnych polskich uczonych.
Model kształcenia Od 2001 roku można studiować na jednym z 3 kierunków: Chemia Fizyka Nauki Ścisłe, gdzie na 3. roku następuje wybór specjalności: 1) informatyka stosowana, 2) fizykochemia nowoczesnych materiałów, 3) nauczanie przedmiotów ścisłych.
Po licencjacie, studenci mogą kontynuować naukę na 2-letnich studiach magisterskich, na dowolnym kierunku oferowanym przez Wydział Matematyczno-Przyrodniczy.