Jednym z pierwszych klubów sportowych w Segedynie był Szegedi AK, założony w 1899 roku. Formalnie jednak za początek historii klubu FK 1899 Szeged uważać należy rok 1919, kiedy to do Segedynu z Kolozsváru przeniósł się uniwersytet wraz z drużyną sportową, która posiadała też sekcję piłkarską. W 1921 roku założono przy uniwersytecie w Kolozsvár klub Kitartás Egyetemi Atlétikai Klub, który w 1940 roku wraz z przeniesieniem uniwersytetu i klubu do Segedynu przemianowano na Szegedi Egyetemi Atlétikai Club (w skrócie Szegedi EAC). 22 grudnia 1953 roku rozwiązany został, grający w węgierskiej Nemzeti Bajnokság I klub Szegedi Honvéd. Jego miejsce, w rozgrywkach Nemzeti Bajnokság I w sezonie 1954 zajął, klub grający już wówczas jako Szegedi Haladás SK. W 1976 roku, grając jako Szegedi EOL SC, klub połączył się z innym miejscowym zespołem - Szegedi AK, pozostając jednak na własnym obiekcie i przy własnych barwach klubowych. W wyniku fuzji zmianie uległa jedynie nazwa, poprzez zamianę dotychczasowego SC w nazwie na AK.
Przed sezonem 1998/99 klub, który kilka lat wcześniej powrócił do nazwy Szegedi EAC został co prawda zgłoszony do rozgrywek 3.