W ciągu ostatnich tysięcy lat wejście do jaskini zostało całkowicie zasypane (co zapewne ochroniło szatę naciekową jaskini).
Dla współczesnych została odkryta pod koniec 1963 r. podczas wydobywania przez J. Kopcia i F. Wawrzeńczyka kamienia do celów budowlanych na zboczu wzgórza Malik. Poprzez szczelinę do środka jako pierwsi dostali się czterej kilkunastoletni chłopcy z pobliskiej Sitkówki, którzy dokonali szeregu zniszczeń form naciekowych. Po tym wejście do jaskini zostało zasypane, aby uniknąć wypadków. W 1964 r. podczas letniej praktyki terenowej do jaskini weszło czterech uczniów Technikum Geologicznego z Krakowa (Bohdan Bałdun, Zbigniew Bochajewski, Włodzimierz Łucki i Wojciech Pucek). Kilka dni później wrócili tam z nauczycielką Mirosławą Boczarową. Za każdym razem wejście do jaskini było maskowane, aby zapobiec jej dewastacji. O odkryciu jaskini odkrywcy poinformowali Ryszarda Gradzińskiego z Sekcji Speleologicznej Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Mikołaja Kopernika. Ze względu na niezwykłe walory przyrodnicze oraz dla kontrastu z istniejącymi w okolicach jaskiniami nazywanymi Piekło, została przez odkrywców nazwana Raj. W październiku 1964 r. uczniowie wraz z nauczycielką i R.