Organizacje zajmujące się obroną praw człowieka krytykowały postępowanie w sprawie Amerykanki, twierdząc, że jej proces nie był uczciwyPeru Criticized on New Yorker's Trial. Rodzina skazanej twierdziła, że wyjechała ona do Peru jako działaczka społeczna i nie brała udziału w konflikcie wewnętrznym w kraju.
Władze amerykańskie, w tym prezydent Bill Clinton, wielokrotnie apelowały o ułaskawienie Berenson. Za skazaną wstawiał się także laureat Pokojowej Nagrody Nobla Elie Wiesel. W 1997, gdy grupa członków Ruchu Rewolucyjnego im. Tupaca Amaru dokonała ataku na ambasadę japońską w Limie, żądając zwolnienia więzionych partyzantów lewicowych, Lori Berenson była wśród osób, których zwolnienia domagali się terroryści.
W 1998 Amnesty International uznała Lori Berenson za więźniarkę politycznąAmnesty International Declares Lori a Political Prisoner.
Pod presją organizacji broniących praw człowieka oraz rządu amerykańskiego, w 2000 prezydent Peru Alberto Fujimori, którego polityka w dotychczasowym okresie rządów zakładała bezwzględne zwalczanie lewicowej partyzantki, nakazał ponowne rozpatrzenie sprawy Berenson przez sąd cywilny. W 2001 uznał on Amerykankę za winną współpracy z terrorystami i skazał ją na 20 lat pozbawienia wolności.