W 1988 roku wydał album En=Trance cechujący się zagęszczoną aranżacją i zawierający „FM Delight”, najlepszy – zdaniem Jake’a Cole’a ze Slant Magazine pojedynczy utwór artysty z lat 80. W 1989 roku nagrał album Miditerranean Pads, ujawniający – zdaniem Dave’a Connolly’ego z AllMusic – „mistrzostwo formy elektronicznej”. W tytułowym utworze wystąpiła jako wokalistka Elfi Schulze. W tym samym roku Schulze wyprodukował album The Breathtaking Blue zespołu Alphaville.

Lata 90. W 1991 roku Schulze wystąpił dla 10 000 osób zgromadzonych przed Katedrą Kolońską. Pierwsza połowa lat 90. w była w jego twórczości okresem eksperymentów z samplowaniem (albumy Beyond Recall z początku dekady oraz In Blue z 1995 roku), a później eksplorowania muzyki klasycznej i opery na wydawnictwach takich jak: Goes Classic (1994), Totentag’ (Day of the Dead) (1994) i Dosburg Online (1997).

W 1994 roku Schulze nawiązał współpracę z niemieckim producentem i kompozytorem Pete’em Namlookiem. Trwała ona do 2008 roku, a jej efektem była seria 11 albumów The Dark Side of the Moog, czerpiących z motywów Pink Floyd.