W Nowym Testamencie pojawia się jeszcze raz, wraz z uczniami i Chrystusem nad jeziorem Genezaret.
W źródłach pozabiblijnych thumb|Męczeństwo Św. Tomasza – Peter Paul Rubens, 1636–1638 Według Orygenesa i Euzebiusza z Cezarei Tomasz udał się następnie do Królestwa Partów. III-wieczne Dzieje Tomasza opisują jego podróż na półwysep Indyjski, gdzie miał nauczać w północno-zachodniej części, graniczącej z Kuszanami. Miał zbudować tak pałac dla króla Indo-Partów Gundafora, a następnie dokonywać cudów. Następnie miał działać na dworze króla Mazdajosa, którego żonę nakłonił na wstrzemięźliwość, za co został skazany na śmierć. Jest to jedyne z apokryficznych Dziejów Apostolskich, zachowane w całości.
Późniejsze tradycje (VII wiek) przypisują mu działalność na wybrzeżu Malabarskim i śmierć męczeńską w Madras 3 lipca 67 albo 72 roku, a jego ciało zostało pochowane w Mylapore.
Oprócz Dziejów, istnieje także koptyjska Ewangelia Tomasza, ze zbiorów biblioteki z Nadż Hammadi, opisująca cuda Jezusa jako dziecka oraz Apokalipsa Tomasza, która zawiera objawienia Jezusa rzekomo przekazane apostołowi.
Kult Dzień obchodów Kościół rzymskokatolicki: Nadzwyczajna Forma Rytu Rzymskiego: 21 grudnia, święto 2 klasy, Zwyczajna Forma Rytu Rzymskiego: 3 lipca, święto.
Przeniesienie relikwii wspominane jest 9 maja.