W 1943 ze względu na klęski ponoszone na froncie wschodnim Niemcy przystąpili do zacierania śladów masowych zbrodni popełnionych na obszarze Europy Środkowo-Wschodniej. Zadanie to powierzono tzw. Sonderkommando 1005, na którego czele stanął SS-Standartenführer Paul Blobel. Jego jednostka działała również w okolicach Małego Trościeńca, gdzie pracowała przez siedem tygodni poczynając od 27 października 1943. Do obozu przysłano wówczas dodatkowych strażników oraz grupę 100 Żydów, którzy mieli pracować przy ekshumacji i paleniu ciał pogrzebanych na uroczysku Błagowszczyzna. Ponieważ Żydzi odmówili podjęcia się tej pracy zagazowano ich, po czym zastąpiono grupą więźniów przywiezionych z Mińska. W ciągu następnych tygodni opróżnili oni 34 masowe groby, spośród których wiele zawierało nawet do 5000 zwłok. Więźniowie komanda byli na noc zakuwani w łańcuchy i zamykani w obozowym bunkrze. Niemcy obiecali im wolność w zamian za pomoc przy zacieraniu śladów zbrodni, jednak po zakończeniu pracy wszyscy członkowie komanda zostali zamordowani. Prochy pozostałe po spaleniu niemal 100 000 ekshumowanych zwłok wykorzystano jako nawóz na okolicznych polach uprawianych przez więźniów obozu. Wcześniej jednak zostały one przesiane w poszukiwaniu złota i kosztowności przez specjalnie sprowadzoną w tym celu grupę radzieckich jeńców wojennych.