Uczestniczył w powstaniu warszawskim; był dowódcą AL w Śródmieściu (od 18 sierpnia 1944) i szefem Sztabu Połączonych Sił Zbrojnych AL, PAL i KB. Po upadku powstania wyszedł z Warszawy z ludnością cywilną. W listopadzie 1944 został awansowany na pułkownika. Po wyzwoleniu był zastępcą komendanta głównego MO, a 1945–1950 współorganizatorem ZBoWiD. Od 29 grudnia 1945 był posłem do Krajowej Rady Narodowej, reprezentując Polską Partię Robotniczą. W 1962 był Prezesem Zarządu Głównego Związku Ochotniczych Straży Pożarnych.
Zmarł w Warszawie, pochowany z honorami 23 września 1970 w Alei Zasłużonych na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A 2-Tuje-2). W imieniu ówczesnych władz w pogrzebie uczestniczyli m.in. przewodniczący Rady Państwa PRL Marian Spychalski, sekretarze KC PZPR Ryszard Strzelecki i Mieczysław Moczar, I sekretarz Komitetu Warszawskiego PZPR Józef Kępa, wiceminister obrony narodowej gen. broni Grzegorz Korczyński i komendant główny MO gen. bryg. Tadeusz PietrzakPogrzeb tow. Józefa Sęk-Małeckiego, "Trybuna Robotnicza", nr 227, 24 września 1970, s.