Gdy Hulagu z głównymi siłami opuścił Syrię, pozostawił na miejscu Kitbogę jako swojego zarządcę z zadaniem prowadzenia dalszych działań wojennych wobec niezdobytych jeszcze twierdz i miast muzułmańskich. Miał również pilnować porządku na nowo zdobytych terenach. Na wiosnę 1260 roku jego wojska zajęły Nablus i Gazę. Wydaje się, że jako nestorianin prowadził politykę faworyzowania chrześcijan na opanowanych terenach o czym wspomina ormiański mnich Hetum:
Kitboga nie miał problemów z chrześcijanami wschodnimi, pozostawał z nimi w sojuszu i korzystał z ich oddziałów posiłkowych. Szybko jednak doszło do tarć między jego wojskami a łacinnikami, którzy w najeździe mongolskim upatrywali szansę na wzbogacenie się kosztem muzułmanów. Do starcia doszło gdy Julian, senior Sydonu i Beaufortu, który przodował w grabieżach, napadł na muzułmańskie wioski pozostawione pieczy bratanka Kitbogi. Ten wystąpił w obronie podporządkowanej mu ludności i zginął w zwycięskiej dla łacinników walce. Reakcją Kitbogi była wyprawa poważniejszych sił wojskowych, które złupiły Sydon. Późniejszy najazd Jana II z Bejrutu na Galileę również spotkał się z odpowiedzią mongolskąRunciman Steven, Dzieje wypraw krzyżowych: Królestwo Akki i późniejsze krucjaty tom 3, Książnica, Wrzesień 2009, s.