W czerwcu 1946 Navarro odszedł z orkiestry Eckstine’a. Był już uznanym wirtuozem, porównywanym pod względem biegłości gry z Gillespiem i chciał grać w małych zespołach, tym bardziej że era big-bandów dobiegała końca. Choć nie prowadził własnych grup, był ważnym członkiem zespołów kierowanych przez innych liderów takich jak Benny Goodman, Kenny Clarke, Bud Powell, Coleman Hawkins, Tadd Dameron, Illinois Jacquet i Dexter Gordon. Należał też do grupy All Stars, koncertującej w ramach Jazz at the Philharmonic. O jego wysokim statusie artystycznym i zawodowym świadczy fakt, iż odrzucił (ze względu na zbyt niską gażę) ofertę występów estradowych w zespole Charliego Parkera, mimo że regularnie nagrywał z nim płyty. A jako sideman wziął udział w przeszło 100 sesjach nagraniowych, z których wiele stanowi klasykę bebopu. Dokonał także nielicznych nagrań jako lider. Swoją grą wywarł wpływ na wielu trębaczy, m.in. Clifforda Browna. W 1949 został uznany „Trębaczem roku” w plebiscycie słynnego, amerykańskiego pisma jazzowego, „Metronome”.