Wraz z rodziną mieszkał przy ul.Humańskiej 13 na Mokotowie, która podczas okupacji została wcielona do dzielnicy niemieckiej. Władze niemieckie pozwoliły mu pozostać w tym domu, ze względu na zajmowane stanowisko dyrektora handlowego Zjednoczonych Browarów Warszawskich „Haberbusch i Schiele”, które zaopatrywały niemieckich dygnitarzy. Henryk Patzer ukrywał pułkownika Kazimierza Iranka-Osmeckiego („Makary”, „Heller”), szefa II Oddziału Komendy Głównej AK. Dzięki ofiarności Henryka Patzera i jego żony cichociemny „Heller” znalazł u nich schronienie aż do wybuchu Powstania. W listopadzie 1943 roku rodzina Patzerów została wysiedlona ze swego domu. Od tego momentu mieszkali przy ul.Moniuszki 7 naprzeciwko „Adrii”. 1 sierpnia 1944 roku o godzinie „W”, pełniąc funkcję zastępcy Delegata Rządu RP na m. st. Warszawę, na polecenie Marcela Porowskiego („Sowa”, „Mazowiecki”), stawił się na Ratuszu wraz z czterema innymi zastępcami. Później przebywał na Starym Mieście, gdzie został ranny. Po kilku dniach pobytu w powstańczym szpitalu wrócił z niezagojonymi ranami do zespołu Delegatury. Podczas ewakuacji Starego Miasta został przeprowadzony kanałami do Śródmieścia, gdzie działał aż do kapitulacji. Po powstaniu trafił z całą rodziną do obozu Durchgangslager 121 w Pruszkowie, z którego udało im się uwolnić.