Rok 1999 był jeszcze słabszy w wykonaniu Nobuatsu. W trakcie sezonu rzadziej plasował się w czołowej szóstce, a podczas GP Hiszpanii doznał kontuzji, która wykluczyła go z dwóch następnych wyścigów (o GP Francji i Włoch). Najbliżej podium znalazł się na holenderskim torze Assen, gdzie dojechał na czwartym miejscu. Skromny dorobek punktowy pozwolił Japończykowi zająć w klasyfikacji 13. pozycję.
Sezon 2000 był ostatnim w zespole Suzuki oraz najlepszym w tej ekipie. Japończyk czterokrotnie uplasował się tuż za podium, na czwartym miejscu. Z największą liczbą punktów we współpracy z japońską stajnią, Aoki został sklasyfikowany na 10. lokacie.
Po dwuletniej przerwie Nobuatsu powrócił do rywalizacji w najwyższej kategorii, która widniała już pod nazwą "MotoGP" i korzystała z motocykli o pojemności 990 cm³. Japończyk podpisał kontrakt z zespołem Proton Team KR. Nobuatsu ukończył zaledwie połowę wyścigów, ale większość, w których dojechał do mety, zakończył w czołowej ósemce. Uzyskane punkty mu zająć w klasyfikacji 12. pozycję.