W zakładach zlokalizowanych na terenie samych Niemiec pracowało 103 000 robotników przymusowych przywożonych z krajów okupowanych, natomiast przez zakłady I.G. Farbenindustrie przy Auschwitz-Birkenau przewinęło się w latach 40. ok. 300 000–500 000 więźniów, z których większość została wymordowana. W 1944 zatrudnienie w tym obozie osiągnęło poziom 83 000 więźniów. I.G.Farben opłacało „wynajem” więźniów wprost do skarbu SS. Koncern „wynajmował” również od SS nadzorców więźniów (kapo).
Eksperymenty na więźniach obozów I.G. Farbenindustrie miał 42,2% udziałów w spółce Degesch (Deutsche Gesellschaft für Schädlingsbekämpfung) produkującej cyklon B, który był wykorzystywany przez Niemców do eksterminacji. Z koncernem współpracowali lekarze prowadzący także eksperymenty pseudomedyczne na więźniach niemieckich obozów koncentracyjnych (np. wstrzykiwanie benzyny syntetycznej w serce i inne). W Auschwitz-Birkenau współpracownikiem IG Farben oraz Bayer był m.in. zbrodniarz wojenny Helmut Vetter, który na więźniach badał tolerancję lekówOświęcim w oczach SS, Państwowe Muzeum Auschwitz-Birkenau 2011, , s. 285.. Przedsiębiorstwo dostarczało także oddziałom SS metanol, za pomocą którego uśmiercano więźniów i spalano zwłoki w krematoriach.