Obecnie JWA tworzy kilkuset żołnierzy z trzech zespołów szturmowych: „Alfa”, „Bravo”, „Charlie” oraz „Zespół Wsparcia”. Przeznaczenie Głównym przeznaczeniem Jednostki Wojskowej Agat jest wsparcie bojowe pozostałych jednostek Wojsk Specjalnych. Ponadto przygotowana jest do samodzielnej realizacji pełnego spektrum operacji specjalnych, takich jak: rozpoznanie specjalne (SR), wsparcie militarne (MA), akcje bezpośrednie (DA).
Ponadto, JW AGAT prowadzi szkolenia oraz realizuje zadania z zakresu: reagowania kryzysowego, przeciwdziałanie proliferacji BMR oraz środków CBRN, działań przeciw-rebelianckich, zwalczania terroryzmu i wsparciu działań kontrterrorystycznych, przeciwdziałaniu zagrożeniom hybrydowym, operacje uwalniania zakładników i innych niekonwencjonalnych działań.
Jej mottem jest: „Siła i Ogień – po nas tylko zgliszcza!”.
Działalność operacyjna i misje Jednostka Wojskowa Agat uczestniczyła oraz uczestniczy w misjach wspierania sojuszników poza granicami kraju. Były to między innymi:
PKW Irak (od 2016), PKW Afganistan (2017 – 2021).