Po zjednoczeniu Niemiec, Volksmarine została dołączona do marynarki niemieckiej (Deutsche Marine). Jedynie część okrętów została na krótko przejęta przez nową marynarkę (15 bojowych i 15 pomocniczych), natomiast większość została wycofana lub sprzedana za granicę (największa część – 39 okrętów, została zakupiona przez Indonezję).
Dowódcy (Chef der Volksmarine) 1 marca 1956 – 31 grudnia 1956 Kontradmirał 1 stycznia 1957 – 31 lipca 1959 Wiceadmirał 1 sierpnia 1959 – 31 lipca 1961 Kontradmirał 1 sierpnia 1961 – 24 lutego 1963 Kontradmirał 25 lutego 1963 – 30 listopada 1987 Admirał Wilhelm Ehm1 grudnia 1987 – 17 listopada 1989 Wiceadmirał 11 grudnia 1989 – 2 października 1990 Wiceadmirał
Struktura 1. Flotylla w Peenemünde 4. Flotylla w Rostocku-Warnemünde 6. Flotylla w Bugu na Rugii 6. Nadbrzeżna Brygada Pograniczna w Rostocku 1. Kompania Techniczna Broni Torpedowej (TTK-18) w Sassnitz (obsługująca torpedy przeciwpodwodne) 1. Pułk Śmigłowców Morskich (MHG-18) w Parow koło Stralsund 1. Pułk Lotnictwa Morskiego (MFG-28) w Laage 1. Morski Batalion Inżynieryjny (MPiB-18) w Sassnitz 1. Oddział Płetwonurków Bojowych (KSK-18) w Kühlungsborn 1. Pułk Obrony Rakietowej Wybrzeża (KRR-18) w Schwarzenpfost 1. Pułk Obrony Wybrzeża (KVR-18) w Rostocku (z 1988) 1.