W 1937 został mianowany sędzią sądu opiekuńczego w Brandenburgu nad Hawelą. W pobliżu tego miasta nabył majątek ziemski, w którym prowadził gospodarkę biologiczno-dynamiczną.
Przeciw niemu prowadzono bezskutecznie dochodzenia w związku z działalnością w organizacji religijnej. Jako jedyny prawnik niemiecki odważył się zaprotestować przeciw akcji eutanazyjnej T4. Jako sędzia opiekuńczy zauważył, że coraz częściej otrzymywał wiadomości o śmierci swoich podopiecznych. W piśmie z 8 lipca 1940 do ministra sprawiedliwości Rzeszy Franza Gürtnera powiadomił go o podejrzeniu, że chorzy są masowo mordowani. Zaprotestował też przeciw pozbawieniu praw więźniów w obozach koncentracyjnych.
W odpowiedzi zwrócono mu uwagę, że akcja eutanazyjna odbywa się z inicjatywy Hitlera. Kreyssig wystosował przeciw szefowi kancelarii Hitlera, Philippowi Bouhlerowi oskarżenie o morderstwa. 13 listopada 1940 został wezwany przed oblicze ministra sprawiedliwości, gdzie okazano mu odręczne pismo Hitlera w tej sprawie. Kreyssig odmówił uznania praworządności tego faktu, mówiąc „Słowo Führera nie tworzy prawa”. W grudniu 1940 Kreyssig został skierowany na przymusowy urlop, a w marcu 1942 przeniesiony w stan spoczynku. Wtedy poświęcił się rolnictwu biodynamicznemu i działalności kościelnej.