Nawet ostateczne pokonanie Hohenstaufów przez Karola d’Anjou w 1268 roku i śmierć Uberto Pallavicino w 1269 roku, choć ułatwiły inkwizycji działanie, nie oznaczały końca oporu ze strony heretyków. W 1277 roku inkwizytor Pagano da Lecco został zamordowany w Valtellinie (diecezja Como), a w 1279 roku w Parmie, po spaleniu dwóch kobiet doszło do rozruchów, w wyniku których dominikanie zostali wygnani z miasta na kilka lat. Ostatecznie jednak pod koniec XIII wieku w niemal całej Lombardii inkwizytorzy zdołali wyeliminować wpływy kataryzmu. Do ostatniej większej serii procesów doszło w Bolonii w latach 1291–1299Lea, II, s. 219-243; Lambert, Średniowieczne herezje, s. 203-205; Del Col, s. 103-109..
Pod koniec XIII wieku, w związku z zanikiem kataryzmu, inkwizytorzy Lombardii zaczęli kierować swą uwagę w kierunku innych ruchów heretyckich. W 1260 roku niejaki Gerardo Segarelli założył apokaliptyczną sektę zwaną braćmi apostolskimi lub apostolikami. Została ona potępiona w 1285 roku i dziewięć lat później doszło do pierwszych procesów w Parmie. Sam Segarelli został spalony w 1300 roku w Parmie i jego następcą został Dulcyn. Stanął on na czele rewolty w północno-zachodniej Lombardii, stłumionej przez krucjatę w 1307 rokuLea, III, s. 90-128; Lambert, Średniowieczne herezje, s. 275-278;