Prowadził także innych jeńców do aktów buntu i szmuglował leki przeciwko dyzenterii dla amerykańskiego lekarza wojskowego uwięzionego w tym samym obozie, Sidneya Esenstena.
Śmierć i pochówek U Kapauna rozwinął się wkrótce zakrzep krwi w jednej z nóg, cierpiał też na dyzenterię i zapalenie płuc. Choć osłabiony po wielu miesiącach niewoli, z powodzeniem poprowadził nabożeństwo wielkanocne 25 marca 1951 roku.
Był tak słaby, że strażnicy więzienni zabrali go do miejsca odosobnienia w obozie w Pyoktong, nazywanego ironicznie „szpitalem”, w którym tak naprawdę został sam bez pomocy i umarł z powodu niedożywienia oraz zapalenia płuc 23 maja 1951 roku. Kapaun został pochowany w masowym grobie w pobliżu rzeki Jalu.
Był jednym z dwunastu amerykańskich kapelanów, którzy zginęli w Korei. Czterech kapelanów armii amerykańskiej zostało wziętych do niewoli w 1950 roku. Żaden z nich nie przeżył pobytu w obozie.
Pamięć Ks. Emil Kapaun został odznaczony wieloma amerykańskimi odznaczenia wojskowymi, w tym najwyższym, Medalem Honoru, otrzymanym pośmiertnie w 2013 roku. W Wichicie nazwano jego imieniem katolicką szkołę średnią, Kapaun Mt. Carmel Catholic High School.