Został zwolniony z czynnej służby w lipcu 1946. W ramach rządowego programu G.I. Bill w lutym 1948 roku uzyskał tytuł Master of Arts na Catholic University of America. We wrześniu 1948 roku powrócił do czynnej służby w armii amerykańskiej i podjął kapelanię w Fort Bliss niedaleko El Paso w Teksasie. W grudniu 1949 roku po raz ostatni opuścił swoich rodziców w Pilsen i wyjechał do okupowanej Japonii.
Okupacja Japonii W styczniu 1950 roku stacjonował w pobliżu góry Fudżi. Został kapelanem 8 pułku kawalerii ze składu 1 Dywizji Kawalerii. 15 lipca 1950 wraz z dywizją opuścił Zatokę Tokijską i przybył na Półwysep Koreański niecały miesiąc po inwazji Korei Północnej na Koreę Południową.
Wojna koreańska 1 Dywizja Kawalerii thumb|Ks. kapelan Emil Kapaun odprawia Mszę Świętą w warunkach polowych, używając maski samochodu jako ołtarza, 7 października 1950 1 Dywizja Kawalerii dokonała pierwszego desantu morskiego w wojnie koreańskiej 18 lipca 1950 roku. Pod koniec sierpnia Kapaun został przydzielony do służby jako kapelan 3. batalionu w 8 pułku kawalerii. Wkrótce potem brał udział w walkach o worek pusański w Korei Południowej. Stamtąd, od połowy września, Kapaun i dywizja stale przemieszczali się na północ.