Yudkowsky jest też autorem kilku dzieł science fiction i innych z gatunku fikcji literackiej. Jego historia o Harrym Potterze z gatunku fan fiction, Harry Potter and the Methods of Rationality, dotycząca kwestii kognitywistyki i racjonalizmu„Harry Potter and the Methods of Rationality isn’t primarily interested in teaching readers the “what” of science, even though it is liberally sprinkled with interesting facts about genetics, game theory, quantum mechanics, and psychology, among other things. Instead, as the title suggests, it’s about the “how” of science, conceived of not in the narrow sense of research in a laboratory, but in the broader sense of the process of figuring out how anything in the world works.” , zyskała przychylną recenzję pisarza Davida Brina a także programisty Erica S. Raymonda. Harry Potter and the Methods of Rationality jest jedną z najpopularniejszych książek na portalu FanFiction.net, budzącą kontrowersje wśród fanów Harry’ego Pottera.
Jest autorem dwóch rozdziałów w tomie Global Catastrophic Risks, pod redakcją filozofa z Oxfordu Nicka Bostroma oraz Milana Ćirkovicia.