2012/2013: Przełomowy sezon. 25 lipca 2012 El Shaarawy podpisał nowy 5-letni kontrakt z Milanem. 3 października strzelił swoją pierwszą bramkę w Lidze Mistrzów przeciwko Zenitowi stając się w wieku 19 lat i 242 dni najmłodszym strzelcem bramki dla Milanu w tych rozgrywkach. Strzelił dwa gole w derbach przeciwko SSC Napoli ratując Milan przed utratą 3 pkt. El Shaarawy kontynuował swoją znakomitą formę zdobywając dwa kolejne gole w meczu z Calcio Catania, który zakończył się wynikiem 1:3 na korzyść Milanu. Następnie dołożył po golu w wygranych meczach z Torino FC (4:2) i z Delfino Pescara 1936 (4:1). Zakończył pierwszą połowę sezonu jako król strzelców Serie A z 14 golami i 16 golami dla Milanu.
28 lutego 2013 przedłużył kontrakt do czerwca 2018 roku. thumb|El Shaarawy i Robinho przed towarzyskim spotkaniem z Realem Madryt. Sierpień 2012
2013/2014: Sezon kontuzji
2 lipca 2013 mediolański klub oficjalnie ogłosił, że El Shaarawy nie odejdzie podczas letniego okienka transferowego. 20 sierpnia 2013 strzelił swojego pierwszego gola od czasu lutego 2013 przeciwko PSV Eindhoven w Fazie Kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów. Z powodu wielu kontuzji w pierwszej połowie sezonu wystąpił tylko 7 razy dla Milanu.