Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 103..
XVI w. przyniósł wsiom klasztornym duże zmiany. Powszechną formą stała się gospodarka folwarczno-pańszczyźniana. Stopniowo likwidowane były sołectwa, chłopów usuwano z ziemi i zakładano nowe folwarki. Wówczas położenie chłopstwa uległo znacznemu pogorszeniu. Nowi dzierżawcy folwarków zwiększyli pańszczyznę, chcąc osiągać jak największe zyski. Ograniczono im także wolność osobistą: m.in. nie mogli opuszczać miejsca zamieszkania bez zgody właściciela. thumb|left|240px|Kaplica św. Anny Na XVI w. przypada także powstanie pierwszej w Podegrodziu szkoły. Była to szkoła parafialna.
W 1631 wybudowana została Kaplica św. Anny. W tym również roku na świat przychodzi założyciel zakonu Marianów św. Stanisław Papczyński.
W latach 1708–1710 Podegrodzie nawiedziła epidemia dżumy. Zmarło wówczas około 165 mieszkańców wsi.
Zabór austriacki thumb|250px|Chałupa podegrodzka w Skansenie w Nowym Sączu Po I rozbiorze Polski (1772) Sądecczyzna weszła w skład państwa Austriackiego. W 1781 cesarz Józef II rozpoczął akcję kolonizacyjną. Jego pierwszym krokiem była konfiskata dóbr ziemskich Klarysek starosądeckich. Koloniści pochodzili głównie z południowych Niemiec. W 1784 w Podegrodziu osiedliło się pięć rodzin ewangelickich.