Przygotowuje też nauczycieli religii w szkołach publicznych, pracowników służących w instytucjach wojskowych, więzieniach i szpitalach oraz pracujących w mediach masowych.
Prowadzona jest współpraca z państwem na poziomie ochrony historycznych budynków kościelnych, dziedzictwa religijnego i kulturowego oraz edukacji. W ostatnich latach zostały otwarte trzy szkoły luterańskie.
Efektem długoletnich rządów radzieckich była niemożność przystosowania działalności Kościoła do zachodzących zmian społecznych i demograficznych. Sieć parafialna nawet obecnie pozostała praktycznie niezmieniona od czasów Estońskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. Efektem tego jest brak placówek kościelnych w wielu obszarach miejskich oraz duża liczba wiernych przypadająca na jedną osobę duchowną. W rejonach wiejskich liczba ta wynosi od 200 do 5000 osób na jednego duchownego, natomiast w miastach odsetek ten może równać się nawet 25 tys. wiernym.
Organizacja Obecnym arcybiskupem jest Urmas Viilma.