Konstrukcja Kadłub Podstawowym założeniem konstrukcyjnym kadłuba była redukcja oporu hydrodynamicznego i zwiększenie wydajności układu napędowego. W celu optymalizacji projektu kadłuba w naukowym centrum technicznym marynarki zbudowano i przetestowano około 50 modeliJanusz Skulski: The Battleship Yamato, s. 14–22.. W rezultacie do projektu przyjęto unikatowy wśród ówczesnych rozwiązań pod względem kształtu i wielkości kształt gruszki dziobowej. Opór kadłuba przy prędkości 27 węzłów zmniejszono dzięki temu o 8,2%, a ulepszenie konstrukcji obła i kilu umożliwiło dalsze zmniejszenie oporu. Ogólnie optymalizacja kadłuba pozwoliła na zaoszczędzenie mocy 15 820 koni mechanicznych (shp).
Nadbudówka Pokładówkę „Yamato” umiejscowiono jako wyspę na ogromnym pokładzie pancernika. Jej kształt różnił się zasadniczo od nadbudówek starszych okrętów marynarki Cesarstwa. Jej wieże – charakterystyczne maszty w kształcie pagód – powstały jako rezultat modernizacji i przekonstruowania z klasycznego trójnożnego masztu, formując w ten sposób rdzeń całej pokładówki. Ze smukłej dolnej części wyrastały trzy charakterystyczne elementy: wieża z pomostem dowodzenia pod piętnastometrowym dalmierzem, kanał komina i wieża tylna z dziesięciometrowym dalmierzem.