W październiku 1941, razem z locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolitą moskiewskim i kołomieńskim Sergiuszem i jego najbliższymi współpracownikami został ewakuowany do Uljanowska. W listopadzie tego samego roku został mianowany arcybiskupem uljanowskim, w 1942 przeniesiony na katedrę jarosławską i rostowską. W roku następnym uczestniczył w soborze biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, w czasie którego metropolita Sergiusz został wybrany na patriarchę moskiewskiego i całej Rusi.
12 lutego 1944 otrzymał godność metropolity. Został mianowany egzarchą Ukrainy z tytułem metropolity kijowskiego i halickiego; do 1961 (tj. do zamknięcia monasteru) był również honorowym przełożonym Ławry Peczerskiej. Kierował działaniami dążącymi do pełnej integracji struktur prawosławnych działających na Ukrainie z Patriarchatem Moskiewskim. W okresie prześladowań Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego prowadzonych między rokiem 1959 a 1964 przez Nikitę Chruszczowa jedynie w Kijowie zlikwidowano 20 cerkwi, 2 monastery oraz seminarium duchowne. Metropolita Jan nie protestował przeciwko tym działaniom. Znana była jego niechęć wobec gruntownie wykształconych duchownych. W 1964 odszedł w stan spoczynku, nadal zamieszkiwał w Kijowie. Zmarł w 1968 i po ceremonii pogrzebowej w soborze św.