W czasie przelotu nad zamiejscową stacją kontroli na Bermudach dane telemetryczne przesłane z ATDA wskazały na nieodłączenie osłony dziobowej. Również stacja na Wyspach Kanaryjskich zameldowała o nieprawidłowym locie adaptera. Powodowało to nadmierne zużycie paliwa w silnikach korekcyjnych adaptera. Po dwudziestu minutach lotu zużyto połowę paliwa znajdującego się w ATDA. Kierownictwo misji podjęło decyzję o wyłączeniu silników korekcyjnych. W tym czasie wsteczne odliczanie dla Gemini 9A (dla uproszczenia spraw papierkowych, misję przemianowano na Gemini 9A) miało zaplanowaną fazę wstrzymania na trzy minuty przed startem. Podczas przerwy obliczano dokładne parametry lotu rakiety Titan, dzięki którym miała osiągnąć tę samą orbitę co ATDA. Zakładano określenie najdogodniejszego momentu startu, aby osiągnąć optymalne warunki do spotkania z adapterem w trakcie trzeciego okrążenia (łącznie zakładano trzykrotne spotkanie z obiektem docelowym). Po wznowieniu odliczania okazało się, że nie zdołano uaktualnić systemów nawigacyjnych Titana. Zawiodła elektronika przy próbie wysłania do rakiety zmodyfikowanych danych. Start został anulowany i przesunięty o czterdzieści osiem godzin.