W czerwcu 1925 Frassati zgodził się przejąć po ojcu kierownictwo dziennika „La Stampa”. Zgodnie z uznaną wersją wydarzeń 29 czerwca, w dniu imienin (wspomnienia św. Piotra Apostoła) lub 30 czerwca wystąpiły u niego objawy w postaci bólów głowy i kości lub mięśni oraz wymiotów. 1 lipca, w dniu śmierci babki, Lindy Ametis, został dotknięty częściowym paraliżem, a sprowadzony specjalista rozpoznał u niego zaawansowane stadium najostrzejszej postaci choroby Heinego-Medina, połączonej z zapaleniem opon mózgowo-rdzeniowych, którą zgodnie z późniejszymi domysłami lekarskimi miał zarazić się pielęgnując chorych. Włoski pisarz Raffaello Uboldi sugeruje natomiast, że Frassati został pobity przez faszystowskich bojówkarzy jako syn właściciela jedynej liczącej się we Włoszech gazety, która codziennie krytykowała rządy Mussoliniego. 4 lipca wieczorem, po przyjęciu sakramentu chorych, Frassati zmarł w wieku 24 lat. W jego pogrzebie, który odbył się w w turyńskiej dzielnicy , wzięło udział kilka tysięcy osób.