Chcieli również, by zakończyła karierę jako niepokonana. Nie zdążyła jednak nadrobić strat i w wyniku błędu dżokeja przegrała o nos z ogierem Blame. Po tej przegranej klacz przeszła na emeryturę. Zakończyła karierę z 19 zwycięstwami na 20 startów i zarobkami wynoszącymi 7 304 580 dolarów.
Zdobyła Nagrodę Eclipse dla najlepszej starszej klaczy oraz tytuł Konia Roku 2010. Znowu znalazła się na drugim miejscu w plebiscycie na atletkę roku, tym razem ustępując pierwszego miejsca Lindsey Vonn.
Emerytura Zenyatta spędza emeryturę na Lane’s End Farm w Versailles, Kentucky. W marcu została pokryta ogierem Bernardini, a 8 marca 2012 roku urodziła ciemnogniadego ogiera, którego później nazwano Cozmic One. Ścigał się jedynie dwa razy, ale kiepsko sobie radził. W 2018 został wykastrowany i od tamtej pory bierze udział w „Retired Racehorse Project”, gdzie ma szansę sprawdzić się w innych dyscyplinach sportowych.
1 kwietnia 2013 urodziła kasztanowatego ogiera, którego ojcem jest Tapit. Później nadano mu imię Ziconic. Również nie odnosi sukcesów na torze.
20 kwietnia 2014 urodziła klacz po ogierze War Front. 28 października tego samego roku klacz uległa wypadkowi na padoku. Podczas zabawy inny źrebak wpadł na nią, w wyniku czego klacz złamała kręgosłup.