W pełni do zdrowia powrócił po roku, ale zdaniem niektórych badaczy w wyniku wypadku (i towarzyszących mu uszkodzeń mózgu) Muybridge doznał trwałych zmian osobowościP. Prodger, Muybridge, Eadweard James [hasło w:] Encyclopedia of nineteenth-century photography, red. J. Hannavy, New York 2008, s. 967..
Nie wiadomo, gdzie przebywał i czym się zajmował w latach 1861-1867. W 1867 działał już w San Francisco na polu fotografii. Od 1872 pracował nad trudnymi do wykonania, ze względu na możliwości techniczne, fotografiami obiektów w ruchu.
W 1872 poślubił 21-letnią rozwódkę, Florę Stone. Rok później Flora wdała się w romans z majorem Harrym Larkynsem, ale Muybridge doprowadził do ich rozstania. Gdy zatem Flora urodziła syna, nazwanego Floredo, Muybridge nie miał podstaw, by wątpić w swoje ojcostwo. Dopiero przypadkowe znalezienie fotografii małego Floreda, zapewne wysłanej do Flory przez Larkynsa, podpisanego na odwrocie "Mały Harry", zasiało w nim wątpliwości. Pojechał do jego domu i poprosił go do drzwi. Według zeznań świadka miał powiedzieć: Dobry wieczór, majorze. Oto moja odpowiedź na wiadomość, którą wysłałeś mojej żonieP. Prodger, Muybridge, Eadweard James [hasło w:] Encyclopedia of nineteenth-century photography, red. J. Hannavy, New York 2008, s. 968., po czym strzelił mu prosto w serce.