Po powrocie do Indii Eden uznał umowę za nieważną i zaproponował siłowe rozwiązanie: okupację terytorium Bhutanu wraz ze zniszczeniem klasztorów-fortyfikacji (tzw. Dzongów) lub okupację rejonu Duar.
Wojna Brytyjczycy zdecydowali się na walkę. Zebrano oddziały z rejonu Assamu, Bengalu oraz z Cooch Behar, i podzielono na dwie grupy: wschodnią generała Dunsforda oraz zachodnią gen. Malkestera. 12 listopada 1864 oficjalnie wypowiedziano wojnę, a siły brytyjskie w czterech kolumnach rozpoczęły marsz na Bhutan. Docelowo miano opanować miasta: Devangiri, Bishenshing, Phuntsholing oraz Chumurchi.
10 grudnia Wielka Brytania anektowała Duar. W odpowiedzi na to Szabdrung (wielki lama) Bhutanu Jigme Chogyal oskarżył w odezwie z 16 grudnia Brytyjczyków o sprowokowanie wojny i wezwał naród do obrony państwa. Państwo jednak nie posiadało regularnej armii, a jedyną siłą zbrojną byli w praktyce strażnicy dzongów. Tymczasem wojska brytyjskie opanowały wyznaczone cele i wycofały się do Indii, pozostawiając tylko niewielkie garnizony. W tej sytuacji, w końcu stycznia 1865 Bhutańczycy rozpoczęli kontruderzenie. Pomiędzy 25 a 27 stycznia odzyskano kontrolę nad przejściami zachodnimi a 29 stycznia w niespodziewanym ataku wyzwolono Devangiri.