Przyczyny, dla której został ostatecznie zwolniony, nie są dokładnie znane. Mimo znacznego pogorszenia stanu zdrowia wskutek pobytu w więzieniu wrócił do czynnej działalności w bractwie. Po złożeniu ślubów mniszych został pierwszym przełożonym monasteru Świętego Ducha w Wilnie założonego przez członków bractwa oraz mnichów monasteru Trójcy Świętej w Wilnie, którzy nie zgodzili się na przejście do unickiego zakonu bazylianów. Kierował monasterską szkołą i drukarnią, rzadziej sam pisał kazania. Mimo młodego wieku, już w wieku ok. 30 lat uważany był za świętego starca. W 1620, w czasie pobytu patriarchy jerozolimskiego Teofana w Rzeczypospolitej, gdy wyświęcał on biskupów dla zdelegalizowanej ówcześnie Cerkwi prawosławnej w państwie polsko-litewskim, archimandryta Leoncjusz nie przyjął chirotonii biskupiej z powodu śmiertelnej choroby. Na swoje miejsce polecił Melecjusza (Smotryckiego). Zmarł w tym samym roku. Według relacji współczesnych jego ciało przez sześć tygodni było wystawione w cerkwi Św. Ducha w Wilnie, nie zdradzając oznak rozkładu.
W swoich wspomnieniach Atanazy (Filipowicz), osobiście znający Leoncjusza z monasteru wileńskiego, opisywał ogromny żal prawosławnych wiernych w Rzeczypospolitej po jego śmierci.