Pod koniec studiów jego zainteresowania zaczęły skupiać się przede wszystkim wokół mikrobiologii i bakteriologii.
W czasie studiów na Akademii Medycznej wraz z kolegami z różnych uczelni założył zespół muzyczny i zarabiał grając przy różnych zabawach sezonowych i weselach.
1952–1970: Służba w wojsku, doktorat 200px|right|thumb|Włodzimierz Ptak ze swoją partnerką W 1952, bezpośrednio po ukończeniu studiów, został wcielony do wojskaBył to okres nasilonego poboru spowodowanego wojną koreańską., a następnie do Służby Polsce. Początkowo otrzymał przydział w Jeleniej Górze, gdzie pracował przy produkcji włókien wiskozowych. Następnie został przyjęty przez Ludwika Hirszfelda jako wolontariusz do Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej Polskiej Akademii Nauk. Przebywał tam jednak jedynie przez kilka tygodni, zanim został przeniesiony do Katowic, gdzie pracował jako kontroler medyczny jednostek Służby Polsce na Górny Śląsk i Opolskie. W praktyce oznaczało to stałą mobilność i pracę w różnych placówkach na terenie całego regionu. W 1954 został skierowany do Bydgoszczy, gdzie przez dwa miesiące pracował jako pediatra, bez żadnego uprzedniego doświadczenia w praktyce z pacjentami. Następnie na własną prośbę został przeniesiony do Szczecina, gdzie chciał kontynuować naukę.