Twórczość 240px|thumb|Autoportret z harpiami (1916; Muzeum Mazowieckie w Płocku) Unierzyski przez cały okres twórczości był wierny malarstwu akademickiemu, pozostał obojętny na modernistyczne prądy w malarstwie. Malował obrazy treści religijnej i mitologicznej oraz portrety. Nie obca mu była również tematyka historyczna, tematy alegoryczno-symboliczne czy portrety ludowe. W zbiorach Muzeum Narodowego w Krakowie znajduje się najbardziej znany i najczęściej eksponowany obraz Józefa Unierzyskiego „Zdjęcie z krzyża” z roku 1887.

Muzea mające w swoich zbiorach prace Józefa Unierzyskiego Muzeum Narodowe w Warszawie Muzeum Narodowe w Krakowie Muzeum w Bielsku-Białej Muzeum Mazowieckie w Płocku Muzeum Historyczne Miasta Krakowa Muzeum Szlachty Mazowieckiej w Ciechanowie

Obiekty sakralne, w których znajdują się obrazy Unierzyskiego 240px|thumb|Zdjęcie z krzyża (1887;