Po wykwintnej ceremonii zaślubin ze swoją siostrzenicą Martyną i po koronowaniu przez patriarchę Konstantynopola 35-letni Herakliusz rozpoczął rządy jako cesarz Bizancjum. Poważne zagrożenie dla nowego władcy stanowił brat Fokasa – Komencjolusz, dowodzący sporą armią w centralnej Anatolii. Po zamordowaniu go przez armeńskiego dowódcę Justyna, ta armia miała zostać skierowana przeciwko Sasanidom. Wykonanie tego manewru uległo jednak opóźnieniu, co pozwoliło Persom wkroczyć bardziej w głąb Anatolii. Aby zwiększyć dochody i obniżyć wydatki państwa, Herakliusz ograniczył liczbę pracowników kościelnych opłacanych z kasy imperialnej. Wykorzystanie różnych ceremoniałów pozwoliło mu usankcjonować prawnie swoją dynastię, a wsparcie dla rządów prawa wzmocniło jego pozycję wewnętrzną. Poważny problem dla Imperium stanowiło zewnętrzne zagrożenie.