Jego śmierć i fiasko próby zatrzymania Persów poważnie osłabiły prestiż Fokasa.
Rebelia Herakliusza Dowódca gwardii cesarskiej (zwanej excubitores) i zięć Fokasa – generał Herakliusz Starszy, pełniący funkcję Egzarchy Afryki – pod naciskami Priskusa zbuntował się w 608 roku. Ogłosił siebie i swego syna noszącego to samo imię konsulami, tym samym zgłaszając pretensje do tytułu cesarskiego, i rozpoczął bicie monet, przedstawiających ich obu w konsularnych togach.
Na wieść o działaniach Herakliusza wybuchły bunty w Syrii i Palestynie. W 609 lub 610 roku zmarł patriarcha Antiochii Anastazjusz II, co stało się przyczyną nasilenia się konfliktu w mieście. Wiele źródeł twierdzi, że w walkach licznie brali udział Żydzi, aczkolwiek nie jest jasne, czy byli członkami jednej z frakcji, czy walczyli przeciwko chrześcijanom. Fokas zareagował, powierzając Bonusowi, zarządcy Wschodu (comes Orientis), powstrzymanie przemocy. Ten ukarał Zielonych, jedno ze stronnictw wyścigów konnych w Antiochii, za udział w zamieszkach. Niektórzy, np. John Julius Norwich, twierdzą, że Bonus próbował przymusowo nawracać Żydów na chrześcijaństwo, nawet tych, którzy walczyli w pierwszej linii. To spowodowało, że Fokas stał się dla społeczności żydowskiej wrogiem.