Wymuszona zmiana wyznania nie znalazła jednak powszechnego poparcia. W listopadzie 1536 roku Chrystian musiał siłą (z pomocą niemieckich najemników) zmusić opornych wobec reformacji członków Rigsraad (rady królewskiej) do posłuszeństwa. Trzech katolickich biskupów zasiadających w radzie aresztowano i usunięto z jej składu. W całym państwie stosowano represje wobec nieustępliwych hierarchów. Jeszcze w 1537 roku z Norwegii wyjechał arcybiskup Trondheim, Olaf. Na Islandii biskup Hólar, Jón Arason zorganizował bunt, jednak został pokonany w 1550 roku pod Sauðafell i stracony. W 1542 zmarł w więzieniu Mogens Lauritssøn, biskup Hamar. W 1550 roku wydano pierwsze pełne duńskie tłumaczenie Pisma Świętego, którego używano także w Norwegii i na Islandii – Biblia Chrystiana IIIBiblia Christiana III była oparta głównie na niemieckim przekładzie Lutra z 1545. Nakład wyniósł 3000 egzemplarzy. Zawierała 92 drzeworyty autorstwa Erharda Altdorfera.. Opozycja w tych dwóch ostatnich krajach była szczególnie silna, gdyż tam ucisk wyznaniowy towarzyszył ograniczaniu swobód i podporządkowywaniu krajów Duńczykom.