W 1932 r. powrócił do Pragi, gdzie został zastępcą dyrektora Instytutu Psychotechnicznego Masarykowej Akademii Pracy, z którego powstał Czechosłowacki Główny Instytut Psychotechniczny. Tutaj pracował w czasie okupacji niemieckiej (1939–1945) i po wyzwoleniu Czechosłowacji. W 1947 r. został mianowany profesorem oraz kierownikiem Instytutu Psychologicznego Uniwersytetu KarolaSeznam osob a ústavů Karlovy university v Praze, jakož i státních zkušebních komisí ve studijním roce 1956/1957, Praga 1957..
Komunistyczny zamach stanu w 1948 r. przyniósł zamknięcie instytutu w 1951 r. Od tej pory Doležal rozwijał tylko działalność pedagogiczną. W latach 1952–1954 był prodziekanem wydziału filozoficznego Uniwersytetu Karola w Pradze. Problemy polityczne wpłynęły na jego zdrowie. Profesor Doležal umarł 12 stycznia 1965 r. w Pradze.