Geologia i morfologia Rezerwat obejmuje epigenetyczny przełom Manińskiego Potoku, który przecinając zbudowaną z mezozoicznych (jura i dolna kreda) wapieni tzw. Manińską Skałę podzielił ją na dwie części: Wielki Manin i Mały Manin. Ukształtowanie skał jest bardzo urozmaicone (liczne turnie, skałki, ściany i progi skalne, żleby i rynny skalne, rumowiska itp.). Na zboczach obu Maninów znajdują się liczne, niewielkie jaskinie. W korycie Manińskiego Potoku występują kotły eworsyjne. Oprócz bogatego w wodę źródła, ujętego do celów konsumpcyjnych, u południowo-zachodniego wylotu wąwozu znajduje się tu źródło mineralne szczawy żelazistej.
Flora i fauna Wilgotny i stosunkowo chłodny mikroklimat wąwozu w otoczeniu wysokich ścian skalnych, często zacienionego i z długo zalegającymi płatami śniegu, umożliwia występowanie szeregu gatunków górskich (zarówno roślin, jak i zwierząt) na małej wysokości n.p.m. Z kolei na wysoko położonych, słonecznych upłazach i półkach skalnych i na szczytach turni występują liczne gatunki ciepłolubne.
Według najnowszych danych na terenie rezerwatu występuje ponad 530 gatunków roślin, z tego wiele częściowo lub całkowicie chronionych. Porosty leśne poza formacjami skalnymi tworzą głównie buczyny z udziałem świerka, jodły i sosny. Na terenie rezerwatu rośnie ok.