Lara Croft wraz z załogą Endurance stara się odnaleźć zaginione królestwo Yamatai. Za jej sugestią i wbrew radom dowodzącego ekspedycją doktora Whitmana załoga wyrusza do położonego na wschód od Japonii Smoczego Trójkąta. Wskutek nagłego sztormu statek rozpada się na dwoje, a rozbitkowie w wyniku katastrofy zostają uwięzieni na odizolowanej od świata wyspie. Po dotarciu na brzeg Croft zostaje rozdzielona od reszty. Poszukując pozostałych rozbitków z wyprawy natrafia na kolejne dowody świadczące o tym, że wyspa jest zamieszkała. Ostatecznie udaje jej się odnaleźć Sam i mężczyznę imieniem Mathias, twierdzącego, że podobnie jak one jest rozbitkiem. Croft zasypia z wycieńczenia, kiedy Sam opowiada Mathiasowi legendę o Himiko. Gdy się budzi, po Sam i Mathiasie nie ma ani śladu.