14 zębów kości zębowej przypominało zęby kości szczękowej, jednak ostatni z nich nie miał większych rozmiarów.
Kręgosłup Cryptolacerta składa się z 29 przodowklęsłych kręgów przedogonowych, w tym siedmiu kręgów szyjnych i dwóch krzyżowych. Formuła palcowa wynosi prawdopodobnie 2-3-4-4/5?-3, co oznacza, że u Cryptolacerta nie doszło do redukcji żadnego z palców, jednak paliczki są zminiaturyzowane w stosunku do pozostałych kości kończyn.
Systematyka Według przeprowadzonej przez Müllera i współpracowników analizy filogenetycznej, wykorzystującej cechy morfologiczne oraz sekwencje genów jądrowych, Cryptolacerta należy do kladu Lacertibaenia, obejmującego jaszczurkowate (Lacertidae) i amfisbeny (Amphisbaenia), w którym zajmuje pozycję siostrzaną do amfisben. Jej bliskie pokrewieństwo z Amphisbaenia wspiera 19 cech morfologicznych. Skamieniałość Cryptolacerta miałaby stanowić pierwszy morfologiczny dowód na bliskie pokrewieństwo Lacertidae i Amphisbaenia. Jest ona o co najmniej 20 mln lat młodsza niż ostatni wspólny przodek tych dwóch grup, jednak prawdopodobnie mogła być do niego zbliżona pod względem budowy. Stanowisko to zostało zakwestionowane przez Tałandę (2015). Zmodyfikowana wersja macierzy użytej w analizie Müllera i in.