W 1998 przyjechał do Polski. Został odznaczony m.in. Orderem „Polonia Semper Fidelis” (1996), Medalem Polonia Mater Nostra Est (2001), dwukrotnie medalem Senatu RP (1999 i 2000) oraz medalem zasługi Zarządu Głównego Związku Harcerstwa Polskiego.
Działalność polityczna Od 1994 do 1999 był wiceprezesem Związku Organizacji Polskich w Szwajcarii. W 1999 założył i stanął na czele Organizacji Narodu Polskiego – Liga Polska. Z jej ramienia zgłosił swoją kandydaturę w wyborach na prezydenta Polski w 2005. Poparcia udzieliły mu Fundacja dla Promocji Kultury i Szkolnictwa Polskiego, Kolegium Lekarzy Rodzinnych w Polsce, Komitet Wyborczy Wyborców Narodu Polskiego, Polskie Drużyny Strzeleckie, Samoobrona Narodu Polskiego, Związek Organizacji Polskich w Szwajcarii, Związek Polaków w Norwegii i Związek Zawodowy Rolników „Ojczyzna”. Po opublikowaniu jego spotu wyborczego okazało się, iż Jan Pyszko słabo mówi po polsku, w związku z czym jego szanse automatycznie zmalały w oczach wyborców.
Jego sztab wyborczy został zarejestrowany 27 czerwca 2005, a jego hasło wyborcze brzmiało: Dobry gospodarz dla Polski, troskliwy o Polaków w kraju i na emigracji. W wyborach odegrał jednak marginalną rolę, z poparciem 10 371 wyborców (0,07%) zajął 11.