Uniwersytet w Aberdeen jest średniowiecznym uniwersytetem założonym w 1495 roku przez , biskupa Aberdeen i kanclerza Szkocji, który zwrócił się z prośbą do papieża Aleksandra VI w imieniu króla Szkocji, Jakuba IV Stewarta o założenie King’s College, czyniąc go trzecim najstarszym uniwersytetem w Szkocji i piątym najstarszym w krajach anglojęzycznych na świecie. Dzisiejszy uniwersytet powstał w 1860 roku w wyniku połączenia King’s College i Marischal College, drugiej uczelni założonej w 1593 roku jako protestancka alternatywa dla tej pierwszej.
Kampusy Na terenie uczelni znajdują się zarówno 500-letnie historyczne budynki, jak i obiekty nowoczesne. Kampus King’s College w Old Aberdeen jest historycznym centrum Uniwersytetu i posiada nowoczesną bibliotekę Sir Duncan Rice Library oraz pierwszej klasy obiekty sportowe w Aberdeen Sports Village.
Oryginalne budynki obu uczelni są podziwiane pod względem architektonicznym i są znakami charakterystycznymi Aberdeen. Główny kampus znajduje się obecnie w Old Aberdeen (King’s College), gdzie pierwotne budynki są nadal używane w dodatku do wielu nowszych budynków w większości w modernistycznym stylu.